Muita literatura clássica de acupunctura, tem vindo a descrever uma série de contra-indicações anatómicas quando usados determinados pontos de acupunctura. A acupunctura só deve ser realizada por um profissional devidamente habilitado para a realização dessa prática. A manipulação das agulhas, deve ser feita com cuidado e consciência, pois pode incidir sobre órgãos internos frágeis, causando complicações graves.
A penetração da agulha sobre a região torácica, pode perfurar o pulmão, causando tosse e/ou dificuldades na respiração. A penetração da agulha em direcção à bexiga do abdómen inferior, pode perfurar a bexiga causando a drenagem da urina para o abdómen inferior. A acupunctura, pode também causar tonturas, hematomas locais, devido penetração da agulha, infecções, se as agulhas não forem esterilizadas o descartáveis.
A acupunctura deve ser evitada em pacientes com perturbações psíquicas graves, sem vontade de prosseguir os tratamentos e com tendências à hemorragia.
Devemos salientar, que nem sempre o poder analgésico da Acupunctura, é favorável à saúde, no sentido em que pode estar a mascarar algo mais grave, que se manifesta através da dor. Por exemplo, a apendicite é detectada através da dor num sitio específico, o apêndice. Uma vez atenuando ou até eliminando esta dor, podemos incorrer em perigo de vida. No entanto, situações destas são muito raras.